Sistema Organizacional ShinobiEmbora haja variações de aldeia em aldeia, a estrutura organizacional geral e a hierarquia dos sistemas de cada aldeia ninja é o mesmo. No topo da organização é o Chefe da aldeia, ou o Kage no caso dos Cinco Grandes Países Shinobi. Eles governam a vila e seus shinobijuntamente com um conselho, geralmente composto de shinobi altamente classificados e anciãos. As forças efetivas shinobi são divididas em três grupos. As forças regulares, a ANBU, e as equipes médicas.
As forças regulares (正規部隊, Seiki Butai) formam a base da vila e seu sistema de shinobi. A maioria dos shinobi são uma parte dessas forças e em conjunto, individualmente ou em equipes, eles executam a maioria das missões que a aldeia recebe. Eles também têm a tarefa de várias funções dentro da organização, tais como treinamento e tarefas administrativas. Quando um Toki é graduado, eles geralmente tornam-se uma parte dessas forças, assumindo o posto de Gennã. Através de vários exames e testes, eles podem ser promovidos a postos mais elevados, primeiro a Chūnin e depois disso a Jōnin. Às vezes, quando um shinobi é especializado em uma habilidade muito específica, ele pode assumir o posto de Tokubetsu Jōnin, que é uma classificação entre Chūnin e Jōnin.
Iryõ-nin's são ninjas que se especializam no tratamento médico e uso de técnicas médicas para curar os outros. Tornar-se um ninja médico requer inteligência e controle de chakra excelente. O ninja médico é treinado para evitar se machucar de alguma forma, pela razão de que, se eles estão feridos, então não haveria ninguém para curar os outros membros de sua equipe. Ninjas médicos acompanham outros ninjas em missões de ranking elevados para aumentar a taxa de sucesso da missão e da taxa de sobrevivência da equipe em geral.